Molecular characterization in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis, sensitive, mdr, xdr and the presence of compensatory snps and phylogenetic classification: detection of lineages and resistance through the complete genome.

Summary: A tuberculose (TB) humana é uma doença infecto contagiosa crônica e mortal causada predominantemente pelo patógeno bacteriano Mycobacterium tuberculosis (Mtb) que alcançou proporções pandêmicas. A TB é a segunda maior causa de morte por doenças infecciosas em todo o mundo, estando somente atrás da síndrome da imunodeficiência humana (SIDA). As últimas estimativas da OMS indicam o surgimento de nove milhões de novos casos da doença no ano de 2012. Globalmente, do total de casos de TB, a OMS estima que 450.000 sejam MDR-TB resultando em uma elevada mortalidade (aproximadamente 170.000). Estima-se que apenas 1% dos pacientes portadores de MDR-TB realize o tratamento apropriado, e dentre estes, poucos apresentam resultados satisfatórios. Acredita-se que o Mtb desenvolve resistência aos fármacos utilizados no tratamento através de mutações cromossômicas especificas em determinados genes. O objetivo da proposta compreende o sequenciamento de genoma completo (WGS; whole genome sequencing) de 100 isolados clínicos, de pacientes com TB, resistentes (MDR e XDR) e sensíveis com objetivo de identificar SNPs, indels e dels, mecanismos alternativos a cepas de Mtb resistentes e identificar SNPs compensatórios que possam indicar cepas mais virulentas e identificação de novas mutações que podem está relacionada a resistência a drogas. Através desta tecnologia, realizaremos a identificação de isolados em nível de linhagem e avaliaremos a associação ou não da presença de mutações associadas a resistência a diferentes linhagens de Mtb. As metodologias ser aplicada é a amplificação de DNA por terminação reversível, utilizando nucleotídeos modificados, plataforma HiSeq2500 Illumina®, as analises serão feitas atraves de ferramentas de bioinformática. As informações geradas através do sequenciamento WGS disponibilizará informações importantes e novas sobre o genoma completo de amostras (MDR e XDR) e sensíveis das cepas circulantes no Brasil no Estado, e essas informações poderão ser utilizadas para o estudo e desenvolvimento de vacinas e novas drogas, contribuindo assim para o melhor controle da TB no Brasil.

Starting date: 01/08/2015
Deadline (months): 36

Participants:

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Coordinator *	MOISES PALACI